Şirkete ait trenlerin bakım, onarım işlerinin 3065 sayılı Katma Değer Vergisi Kanunu’na göre istisnaya tabi işlemler kapsamında bulunması sebebiyle yapılan harcamaların bir kısmında başvuruda bulunularak KDV istisnasından yararlanıldığı ancak bazı alımlarda istisna başvurusunda bulunulmayarak KDV ödemesi yapıldığı görülmüştür.

3065 sayılı Kanun’un 13’üncü maddesinin birinci fıkrasının (a) bendinde;“Faaliyetleri kısmen veya tamamen deniz, hava ve demiryolu taşıma araçlarının, yüzer tesis ve araçların kiralanması veya çeşitli şekillerde işletilmesi olan mükelleflere bu amaçla yapılan deniz, hava ve demiryolu taşıma araçlarının, yüzer tesis ve araçlarının teslimleri, bu araçların imal ve inşaası ile ilgili olarak yapılan teslim ve hizmetler ile bunların tadili, onarım ve bakımı şeklinde ortaya çıkan hizmetler ve faaliyetleri deniz taşıma araçları ile yüzer tesis ve araçların imal ve inşası olanlara bu araçların imal ve inşası ile ilgili olarak yapılacak teslim ve hizmetler, ...” denilmek suretiyle söz konusu teslim ve hizmetler vergiden müstesna sayılmıştır.

Katma Değer Vergisi Genel Uygulama Tebliği’nin II. İstisnalar Bölümünün 1.2. Araç ve Tesislerin Tadil, Onarım ve Bakım Hizmetlerinde İstisna başlığı altında, faaliyetleri kısmen veya tamamen deniz, hava ve demiryolu taşıma araçlarının, yüzer tesis ve araçların kiralanması veya çeşitli şekillerde işletilmesi olan mükelleflere, bu araçlarla ilgili olarak verilen tadil, onarım ve bakım hizmetlerinin KDV’den istisna olduğu belirtilmiş ve bu mükelleflerin söz konusu istisnadan nasıl yararlanabileceklerine dair ayrıntılı açıklamalara yer verilmiştir. Açıklamalara göre faaliyetleri deniz, hava ve demiryolu taşıma araçlarının çeşitli şekillerde işletilmesi olan mükelleflerin, bu araçlarla ilgili olarak aldıkları tadil, onarım ve bakım hizmetlerindeki KDV istisnasından yararlanabilmeleri için vergi dairesine başvurarak, her işlem bazında istisna belgelerini almaları ve bu belgeleri satıcılara vermeleri gerekmektedir.

Dönem içinde demiryolu taşıma araçlarının tadil, onarım ve bakımları için yapılan harcamaların bir kısmında gerekli başvurular yapılmayarak KDV ödendiği anlaşıldığından şirket açısından, gerekli başvurularda bulunularak istisna belgelerinin alınması ve KDV istisnasından yararlanılması gerekmektedir.